琿春出口加工區(qū)于 2000年4月27日經(jīng)國(guó)務(wù)院以國(guó)辦函[2000]37號(hào)文件正式批準(zhǔn)設(shè)立了吉林琿春出口加工區(qū)，是國(guó)務(wù)院首批設(shè)立的全國(guó)15個(gè)出口加工區(qū)之一，也是全國(guó)14個(gè)沿邊開放城市中獲得批準(zhǔn)的一家。國(guó)務(wù)院設(shè)立出口加工區(qū)實(shí)行“境內(nèi)關(guān)外”管理模式旨在加強(qiáng)與完善加工貿(mào)易管理，規(guī)范海關(guān)對(duì)出口加工區(qū)的監(jiān)管，促進(jìn)出口加工區(qū)的健康發(fā)展，鼓勵(lì)外貿(mào)出口。出口加工區(qū)是經(jīng)國(guó)家批準(zhǔn)設(shè)立，由海關(guān)監(jiān)管的特殊封閉區(qū)域。貨物從境內(nèi)區(qū)外進(jìn)出加工區(qū)視同進(jìn)口和出口，海關(guān)按進(jìn)出口貨物進(jìn)行監(jiān)管。出口加工區(qū)的功能比較專一，主要是開展出口加工業(yè)務(wù)，區(qū)內(nèi)企業(yè)生產(chǎn)的最終產(chǎn)品，應(yīng)基本上都是直接出口的。
    根據(jù)延州發(fā)[2000]32文規(guī)定，琿春出口加工區(qū)管理委員會(huì)，本著精干、高效的原則，在琿春邊境經(jīng)濟(jì)合作區(qū)加掛琿春出口加工區(qū)管理委員會(huì)的牌子，一套牌子，兩塊牌子，代表市政府對(duì)加工區(qū)經(jīng)濟(jì)和行政事務(wù)實(shí)行統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)和管理。出口加工區(qū)管委會(huì)主任由合作區(qū)管委會(huì)主任兼任�，q春出口加工區(qū)管理委員會(huì)依照國(guó)家法律、法規(guī)對(duì)出口加工區(qū)的規(guī)劃、建設(shè)、發(fā)展等行政、經(jīng)濟(jì)各項(xiàng)事務(wù)實(shí)施管理。下設(shè)出口加工區(qū)管理局。出口加工區(qū)管理局是出口加工區(qū)的職能工作部門，主要負(fù)責(zé)出口加工區(qū)內(nèi)的行政管理、業(yè)務(wù)管理、招商引資和綜合協(xié)調(diào)工作，是正科級(jí)建制。
2008年加工區(qū)內(nèi)注冊(cè)企業(yè)數(shù)44戶，完成進(jìn)出口總額11345萬(wàn)美元（其中：進(jìn)口5116萬(wàn)美元，出口6018萬(wàn)美元），同比增長(zhǎng)224%。
    經(jīng)濟(jì)發(fā)展科：
1 負(fù)責(zé)編制經(jīng)濟(jì)發(fā)展規(guī)劃和產(chǎn)業(yè)發(fā)展規(guī)劃，經(jīng)批準(zhǔn)后組織實(shí)施。
2 負(fù)責(zé)招商引資工作。篩選推出重點(diǎn)招商項(xiàng)目，參與項(xiàng)目洽談，提供政策咨詢。
3 負(fù)責(zé)進(jìn)區(qū)項(xiàng)目的會(huì)審及審批。
4 根據(jù)上級(jí)有關(guān)部門的授權(quán)，負(fù)責(zé)進(jìn)區(qū)內(nèi)企業(yè)的進(jìn)出口經(jīng)營(yíng)范圍的審批及報(bào)批。
5 負(fù)責(zé)進(jìn)出口設(shè)備、貨物、物品及區(qū)內(nèi)企業(yè)加工產(chǎn)品內(nèi)銷的審批及廢品銷毀審批。
6 負(fù)責(zé)區(qū)內(nèi)企業(yè)的投資跟蹤服務(wù)工作。
    投資促進(jìn)科：
1 負(fù)責(zé)全程為投資企業(yè)領(lǐng)辦、代辦項(xiàng)目相關(guān)審批手續(xù)。
2 負(fù)責(zé)客商咨詢工作，向客商介紹、說明投資審批所須前置要建的基本要求。
3 負(fù)責(zé)區(qū)內(nèi)各企業(yè)統(tǒng)計(jì)資料的匯總，并上報(bào)有關(guān)部門。
4 負(fù)責(zé)區(qū)內(nèi)企業(yè)的經(jīng)營(yíng)跟蹤服務(wù)及安全工作生產(chǎn)。
    綜合管理科
1 根據(jù)海關(guān)總署《關(guān)于對(duì)出口加工區(qū)管理委員會(huì)權(quán)利、義務(wù)和責(zé)任的規(guī)定(討論稿)》制定具體管理措施。
2 負(fù)責(zé)對(duì)區(qū)內(nèi)企業(yè)進(jìn)行國(guó)家法律、法規(guī)和有關(guān)規(guī)定的宣傳教育。
3 根據(jù)國(guó)家有關(guān)政策對(duì)出口加工區(qū)實(shí)施行政管理。配合、支持海關(guān)監(jiān)管和檢驗(yàn)檢疫工作，協(xié)調(diào)區(qū)內(nèi)各方關(guān)系。
4 負(fù)責(zé)對(duì)外宣傳工作。定期向管委會(huì)和上級(jí)有關(guān)部門報(bào)送信息負(fù)  責(zé)編寫出口加工區(qū)動(dòng)態(tài)。
5 負(fù)責(zé)全局的黨務(wù)和全團(tuán)工作以及文秘、檔案、后勤管理工作。
    安檢中隊(duì)
1 負(fù)責(zé)區(qū)內(nèi)公共建設(shè)設(shè)施管理和綠化工作，做好區(qū)內(nèi)企業(yè)的物業(yè)管理。
2 配合公安、消防部門做好社會(huì)治安、安全防火等工作 。
3 配合海關(guān)做好車輛、貨物、人員進(jìn)出卡口的檢驗(yàn) 、放驗(yàn)工作，并做好登記備案工作。