孝南區(qū)歷史悠久，源遠流長。2008年6月，湖北省考古研究所考古隊會同孝感市、孝南區(qū)兩級文物部門，在城郊朋興鄉(xiāng)葉廟村和七份村一帶，發(fā)現(xiàn)一處鄂東北歷史最早、規(guī)模最大的距今約5500年的新石器時代城址。

夏商周、秦漢晉時期。自夏商始設建置，屬古荊州地。春秋戰(zhàn)國為楚地。秦屬南郡。三國時在魏境，屬江夏郡。

南北朝時期。宋孝武帝（劉駿）孝建元年（公元454年），因弘揚孝道，推行“以孝治國”，析安陸縣東境置孝昌縣，隸荊州，屬江夏郡。南齊分司州之義陽郡為南北，孝昌隸司州，屬南義陽郡。梁天監(jiān)三年（公元504年），為孝昌縣，尋改平陽縣，隸義州，屬汝南郡、安陸郡。西魏大統(tǒng)十六年（公元550年），為京池縣，尋改孝昌縣，后又改孝昌為岳山郡，置岳州。北周武成元年（公元559年），省岳山郡，入安陸郡；建德元年（公元572年），隸襄州，鄖州總管，置董城郡、澴岳郡，復置岳山郡。

隋唐時期。隋開皇三年（公元583年），廢岳州及岳山、澴岳等郡，復置孝昌縣，屬荊州；大業(yè)元年（公元605年），省孝昌入安州，隸安州總管，屬安陸郡。唐武德元年至四年（公元618年—621年），詔天下改郡為州，置孝昌縣，隸安州總管府，屬澴州；貞觀元年（公元627年），分天下十道，仍置孝昌縣，隸淮南道都督府，屬安州；至德二年（公元757年），縣沿孝昌，隸山南東道，屬安州；乾元二年（公元759年），孝昌復隸淮南道都督府，屬安州；寶應元年（公元762年），孝昌屬沔州，尋復屬安州，仍隸淮南道都督府；貞元二年（公元786年），改置澴陽縣，尋改孝昌縣，置觀察使于安州，隸山南東道，屬安州；元和元年（公元806年），孝昌隸武昌節(jié)度，屬安州，三年后省孝昌入云夢縣地，仍隸武昌節(jié)度，屬安州；咸通元年（公元860年），復置孝昌縣，隸屬沿前。

五代時期。后梁開平三年（公元909年），孝昌隸宣威軍、安遠軍，屬安州。后唐莊宗（李存勖）同光二年（公元924年），為避皇祖國昌諱，又因董永賣身葬父、孝感動天，改孝昌為孝感，隸安遠軍，屬安州。后晉開運元年(公元944年)，改安州安遠軍為防御州，仍屬安州。后漢天福十二年（公元947年），復以防御州為安遠軍。后周廣順元年(公元951年)，又以安遠軍為防御州。

宋元明清時期。北宋建隆元年(公元960年)，孝感改隸荊湖北路，仍屬安州；天圣六年(公元1028年)，又改隸荊西路，屬安州安遠軍節(jié)度；慶歷元年(公元1041年)，孝感復隸荊湖北路，屬安州；宣和元年(公元1119年)，改安州為神宗潛邸，升為德安郡，孝感直接隸屬德安郡。南宋建炎四年(公元1130年)，徒孝感縣治于紫資砦，隸安陸鎮(zhèn)撫使，屬德安郡；紹興三年(公元1133年)，孝感復隸荊湖北路，屬德安郡；嘉定十五年(公元1222年)，以隨州之三關置黃峴關使，孝感隸黃峴關使，屬德安府；咸淳五年(公元1269年)正月，詔徙德安府治于漢陽城頭山，隸安州，屬德安府。元至元十六年(公元1279年)，復從城頭山徙還府治，從紫資砦遷還縣治，孝感隸荊湖北道宣慰司，仍屬德安府；至元十八年(公元1281年)，罷宣慰司，德安直柰鄂州行省為散府；至元二十九年(公元1292年)，德安仍為散府，置軍民屯田萬戶府，孝感改隸河南行省，屬德安府；至元三十年(公元1293年)，孝感改隸黃州路，仍屬德安府；至元三十一年(公元1294年)，改萬戶府為總管府；至治元年（公元1321年），孝感改隸山南北道中興路，屬德安府。明洪武元年（公元1368年），孝感隸湖廣行省，屬德安府；洪武九年(公元1376年)，降德安府為州，孝感此時為德安州地，隸武昌府；洪武十三年(公元1380年)，復升德安州為府，又置孝感縣，隸湖廣布政司，屬德安府；建文元年(公元1399年)，置武昌道，領武漢黃德四府，孝感此時隸武昌道，屬德安府；嘉靖十八年(公元1539年)，孝感隸荊西道，屬德安府。清順治二年至雍正六年(公元1645—1728年)，名號隸屬悉沿舊制；雍正七年(公元1729年)，總督邁柱題請改孝感縣隸湖北省漢陽府。��

中華民國時期。民國元年(公元1912年)，廢府存縣，孝感隸湖北省，屬江漢道。民國16年(公元1927年)，又廢道直轄于省，孝感隸湖北省，屬第五行政督察區(qū)。民國22年(公元1933年)，劃縣北境七、八兩區(qū)(芳畈、二郎店、大新店、三里城等地)入禮山縣。其間：1930年，建立蘇維埃政權；1931年，中部、北部建鄂豫皖蘇區(qū)，設孝感縣革命委員會、陂孝北縣，南部塘口、臥龍、龍店劃湘鄂西蘇區(qū)；1939年10月，建立孝感縣抗日民主政府；1942年8月，鄂豫皖邊區(qū)重新劃歸縣轄區(qū)，孝感則分別劃歸5個縣管轄，即禮南縣(孝感北部地區(qū))、安應縣(京廣鐵路以西、襄花公路以北地區(qū))、云孝縣(京廣鐵路以西、襄花公路以南地區(qū))、漢孝陂縣(南部湖泊地區(qū))等；1947年12月，建孝感縣人民民主政府。

中華人民共和國時期。1949年，新中國成立后，隸湖北省，屬孝感專署，后淪河以南辛安渡等地劃歸武漢市。1959年2月14日，國務院決定，將孝感專區(qū)劃歸武漢市領導，孝感也隨著隸湖北省，屬武漢市。1961年6月，恢復孝感專區(qū)，孝感隸湖北省，屬孝感專區(qū)。1966年9月，將孝感縣改為東風縣，隸湖北省，屬孝感專區(qū)。1969年2月2日，經(jīng)省“革委會”同意，將東風縣革委會改為“孝感縣革委會”，隸湖北省，屬孝感專區(qū)。1984年根據(jù)國函〔1983〕164號文件，撤銷孝感縣，設立縣級孝感市，以孝感縣的行政區(qū)域為孝感市的行政區(qū)域，從1984年1月1日始啟用孝感市印章，隸湖北省，屬孝感行署。1993年4月，撤銷孝感地區(qū)，設立地級孝感市，將原縣級孝感市一分為二，其北部設立孝昌縣，南部設立孝南區(qū)，隸湖北省，屬孝感市。