漢代稱汝陽，以汝水為名。隋代改為溵水。宋太祖趙匡胤為避父諱（其父名趙弘殷），諱“殷”、“溵”等字，“殷”、“商”為同一王朝名，改“溵水”為“商水”。

商水地域在西周時，屬沈國。春秋時，蔡昭侯十三年（公元前506年）沈國被蔡國所滅，此時其縣境西部屬蔡國，東部屬頓國。楚昭王二十年（公元前496年），楚國先滅頓國，后又滅蔡國。戰(zhàn)國時，屬楚國。秦，在陽城（含舒莊鄉(xiāng)扶蘇寺村）置縣，屬陳郡。陳勝、吳廣起義時期，改陽城為扶蘇。西漢時，屬豫州汝南郡，縣境分屬陽城、汝陽、博陽三縣。其后其縣名屢經(jīng)變換，至隋開皇十六年（596年），在其地域上又分置了殷水肥（治所為商水老城，另一說在今鄧城鎮(zhèn)潘堂）。大業(yè)初年（605年），并汝陽縣入殷水縣�；侍┰�年（618年），置扶蘇縣，與殷水縣同屬陳州淮陽郡。唐武德五年（622年），并扶蘇縣入殷水縣，屬河南道。貞觀元年（627年）屬陳州。興元元年（784年）屬陳州淮陽郡。五代，縣名仍稱殷水，屬陳州。宋建隆元年（960年），改殷水縣為商水縣。

1947年8月18日，商水縣城第一次解放；10月23日，商水縣城第二次解放；11月成立商水縣民主政府，12月又在其今日轄地西部成立了郾商西縣民主政府。1949年2月，郾商西縣并入商水縣。1952年6月10日，周口市改為鎮(zhèn)歸商水縣管轄，商水縣政府由商水城關(guān)遷到周口，屬淮陽專區(qū)。1954年5月5日，商水縣與周口鎮(zhèn)分署辦公。1958年，周口鎮(zhèn)第二次并入商水。1965年11月25日，商水縣與周口鎮(zhèn)再次分署辦公。1975年，商水縣直機關(guān)由周口遷至商水老城至今。1953年前，商水縣屬淮陽專員公署。1953年—1965年，屬許昌專員公署。1965年后屬周口專區(qū)（周口地區(qū)），2000年8月2日屬周口市。